Den faste samlings hovedværker er i videst muligt omfang præsenteret i husets stueetage. De store ovenlyssale på første etage giver rig mulighed for vise diverse særudstillinger. I umiddelbar tilknytning til indsamlingsområdet – i vedtægterne fastlagt som dansk kunst i perioden 1750-1950 – afholder museet således årligt særudstillinger med tilhørende udgivelse af katalog. Med disse udstillinger søger museet at kaste nyt lys over den eksisterende samling. Der anlægges forskellige snit, enten gennem en tematisk eller tværæstetisk præsentation af en enkelt kunstners samlede oeuvre eller  med et fokus på den kunsthistoriske forvaltning af et isoleret motiv. Her er tale om større ofte forskningsbaserede og undertiden også internationalt forankrede udstillinger. Samtidigt arrangerer museet også mindre fokusudstillinger i bygningens underetage.